Налоговую и бухгалтерскую отчетность можно сдать через сайт ФНС. Но не всю.

Большинство налогоплательщиков уже предоставляет отчетность в налоговый орган в электронном виде по телекоммуникационным каналам связи через операторов электронного документооборота. Однако существует возможность передачи её через сайт ФНС, без операторов.
Электронный сервис «Представление налоговой и бухгалтерской отчетности в электронном виде» пока действует в виде пилотного проекта.
Для направления декларации через сервис необходимо:
-получить идентификатор посредством сервиса «Сервис получения идентификатора абонента»;
-установить корневой сертификат удостоверяющего центра ФНС России;
-установить сертификат открытого ключа подписи МИ ФНС России по ЦОД для шифрования отчета и проверки квитанции;
-подготовить файл транспортного контейнера (с помощью программного средства «Налогоплательщик ЮЛ»).
Датой и временем приема отчета считаются соответственно дата и время поступления зашифрованного файла в МИ ФНС России по ЦОД. Квитанция о приеме отчета формируется в случае успешной проверки электронной подписи и форматно-логического контроля.
Обратите внимание, что через сервис нельзя отправлять декларации по НДС и расчеты по страховым взносам.